Nasceu na Fazenda Deserto Feliz na Freguesia de N. S. da Penha do Morro do Coco, Campos dos Goytacazes,RJ, no dia 2 de outubro de 1867. Era filho de uma família simples ligada ao campo, em um sítio no atual distrito de Morro do Coco. A família se mudou para o centro dà cidade quando Nilo Peçanha chegou na idade escolar. Seu pai era conhecido nà cidade como “Sebastião da Padaria” e o garoto Nilo trabalhava com ele na padaria.

Nilo tinha a pele mulata, o que lhe causou uma série de situações desconfortáveis, comenta-se inclusive que como presidente, suas fotos oficiais eram retocadas para fazê-lo parecer dono de uma pele mais clara. Frequentemente foi ridicularizado na imprensa em charges e anedotas que se referiam à cor da sua pele.

Iniciou seus estudos de formação superior na Faculdade de Direito de São Paulo, mas formou-se na Faculdade de Direito de Recife, em 1887. Pouco tempo depois retornou para suà cidade natal onde abriu um escritório de advocacia e foi um dos fundadores do Clube Republicano, o que o impulsionou para a carreira política.

Participou das campanhas abolicionista e republicana.

Nilo Peçanha foi o 7º presidente do Brasil, um presidente fluminense entre a política do café com leite, por ocasião da morte do presidente Afonso Pena, em 1909 que completou o mandato presidencial entre 1909 e 1910.

Durante o governo provisório de Deodoro da Fonseca, foi um dos deputados constituintes. Foi também governador e Senador pelo estado do Rio de Janeiro em 1903. Na ocasião da formulação do Convênio de Taubaté, Nilo Peçanha foi um dos signatários.

No exercício da função, Nilo Peçanha promoveu marcantes medidas para o país. Foi o responsável por restabelecer os ministérios da Agricultura, Indústria e Comércio, com a criação do Serviço de Proteção ao Índio, seguindo sugestão daquele que seria o primeiro diretor da entidade, o tenente-coronel Cândido Rondon, e também inaugurou e fez desenvolver o ensino técnico no Brasil.

Foi maçom e Grão-mestre do Grande Oriente do Brasil. Viajou para à Europa entre 1911 e retornou no ano seguinte para assumir o posto mais uma vez de Senador do estado do Rio de Janeiro. Em 1914 foi eleito governador do Rio de Janeiro pela segunda vez, mas não chegou a cumprir todo o mandato, pois foi nomeado para o Ministério das Relações Exteriores em 1917. Concorreu a presidência do Brasil em 1922 com a campanha “Reação Republicana”, mas foi superador por Arthur Bernardes.

Faleceu em 1924, no Rio de Janeiro e foi sepultado no Cemitério de São João Batista.